新疆自治区人民医院小儿外科成立于2004年，设有新生儿外、小儿普外、小儿泌尿外科、小儿胸外科、小儿肿瘤等专业。现科室有固定开放床位80张，目前有医生18名，其中主任医师1名、副主任医师6名、主治医师5名、住院医师6名。有护理人员29名，其中主管护师4名、护理师13名。

该科目前成为新疆医学会普外学会小儿外科学组组长单位，在新生儿外科、小儿普外科、小儿微创手术以及泌尿系结石内窥镜的领域填补了疆内多项空白，诊疗范围包括各类新生儿消化道畸形，胆道疾病，各类肿瘤，泌尿系疾病，食道闭锁，膈疝、腹壁疝、腹壁发育异常等；小儿消化道疾病，胆道疾病，先天性巨结肠，直肠肛门畸形，各类腹壁疝、腹内疝、腹腔内外各类肿瘤，消化道出血，肝、脾、胰疾病等；小儿先天性食道闭锁，膈疝，食道裂孔疝，肺包虫，食道烧伤狭窄，漏斗胸，泌尿系先天性畸形，泌尿系结石，泌尿系肿瘤等。近年来科室积极开展小儿腔镜微创手术，目前微创治疗腔内疾病达90％以上，使原有的开放手术模式逐渐向腔镜微创手术模式过度，使广大患儿受益。科室与北京、上海等地专家密切合作，通过请进来，走出去的方式，不断提升科室专业技术水平。

该科为18个国家级专科医师培训基地之一（小儿外科培训基地组长单位）。目前承担了新疆医科大学，石河子大学医学院本科班教学任务，疆内各地州小儿外科专业进修人员，规范化培训医师，实习医师的培训及带教任务，临床护士的进修及实习带教任务。科研方面，承担并完成了国家卫生部科技计划项目1项，国家卫计委行业专项课题1项，目前承担自治区卫健委适宜技术推广项目2项，自治区自然科学基金项目3项，自治区青年自然科学基金项目1项，自治区卫健委青年科技项目1项。先后在核心及省级医学刊物上发表论文及论著40余篇，其中SCI 1篇，中华系列杂志17篇；获得院级科技成果奖及新技术奖30余项。