我院眼科于1942年4月12日设立，1979年独立建科，目前拥有40张床位，医护人员34人，其中医师15人，护士15人，技师4人，主任医师2人，副主任医师2人，中级职称11人，初级职称19人。拥有日本Topcon眼底荧光造影机及非接触眼压计、英国Keeler间接检眼镜、美国Demenlclarke同视机、角膜地形图、眼A超、角膜曲率计、GT－2000NV多焦视觉电生理检查系统，自动静态视野计、法国光太532激光机、美国Legacy20000型超声乳化仪、德国Lelca690及日本Enaml手术显微镜、歌德玻璃体切割系统、爱丽斯准分子激光等先进的检查治疗、手术设备。
    眼科自建科以来，不断提高自身业务水平，开展多项业务技术，在技术上精益求精，目前开展的业务及手术包括各种眼底病（糖尿病视网膜病变、视网膜静脉阻塞、视网膜静脉周围炎、视网膜裂孔、视网膜脱离、老年黄斑变性等）的激光手；白内障超声乳化摘除联合人工晶体植入术，近几年折叠人工晶体植入达90％；玻璃体切割手术，如治疗糖尿病视网膜病变、视网膜脱离、玻璃体积血、眼内异物取出等手术；抗青光眼手术（小梁切除术、非穿透小梁切除术）；斜视矫正手术；眼眶肿瘤摘除手术；珊瑚义眼座植入手术；角膜移植手术；羊膜移植手术；准分子激光治疗近视手术，目前已治疗2000余例，收到良好效果。
    自1997年始，眼科每年下乡为和田、阿克苏地区群众进行复明医疗活动。1999年，配合国际奥比斯眼科飞机医院免费为乌鲁木齐市民进行眼科疾病诊治活动和眼学科学术讲座及卫生技术人员的培训。积极参与了“视觉第一  中国行动”白内障医疗队。几十年来，积极为基层医院培养眼科医生，每年5人次。
    2004年8月，眼科与北京同仁医院眼科建立了协作关系，成立了眼科中心，并聘请北京同仁医院眼科专家王宁利教授和天津眼科专家赵堪兴教授为客座教授。
    近年来，眼科曾先后获得医院科技成果三等奖一项、新疆自治区卫生厅科技成果二等奖3项。6名医师承担了新疆医科大学、石河子大学医学院的授课及带教工作。2006年，与内地医院协作申报国家十一五支撑计划课题《糖尿病视网膜病变视功能保护关键技术的研究》获得国家科技部、卫生部批准立项，并获得课题专项研究经费20万元。
    2002年，眼科荣获中华人民共和国卫生部、公安部、民政部、财政部、教育部、残疾人联合会颁发的“全国残疾人康复工作先进集体”荣誉称号。
    眼科全体医护人员决心在院领导的领导下，不断提高专业水平，加强科研意识，更好地为全疆各族患者服务，为每一位眼疾患者带来光明。

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