自治区人民医院小儿外科自1995年以来正式开展小儿及新生儿外科工作。2004年7月正式挂牌成立小儿外科。小儿外科目前设有新生儿，小儿普外，小儿泌尿外科，小儿胸外科专业。
    小儿外科成立以来开展了大量的新技术，新业务，尤其是新生儿外科及普外科领域填补了疆内空白多项，达到国内乃至世界先进水平。小儿外科在现有基础上不断推陈出新，学术研究和交流方面与北京，上海等地专家密切合作，采用请内地专家来院指导交流，派人员去内地进修学习相结合的方法，不断提升我院的专业技术水平。
    我院小儿外科在全国各地，中亚地区都成就了一定的知名度。不断的有国内外患者来院咨询和治疗，取得了较好的社会效益。
小儿外科在不断茁壮成长的过程中，坚守科研，教学，医疗为一体的发展思路。在完成了大量的临床工作的同时，还完成了新疆医科大学，石河子大学医学院本科班教学任务，本科班及进修医师的带教任务，临床护士的实习带教任务。先后在国内及省级医学刊物上发展论文及论著八篇，获得院级科技成果奖二十余项。

    新生儿外科：（各类新生儿消化道畸形，胆道疾病，各类肿瘤，泌尿系疾病，食道闭锁，膈疝，腹壁疝，腹壁发育异常等）。
    小儿普外科专业：（小儿消化道疾病，胆道疾病。先天性巨结肠，直肠肛门畸形，各类腹壁疝，腹内疝，腹腔内，外各类肿瘤，消化道出血，息肉病。肝，脾，胰疾病等）。
    小儿胸外科：（先天性食道闭锁，膈疝，食道裂孔疝，肺包虫，食道烧伤狭窄，漏斗胸等）。
    小儿泌尿外科：（泌尿系先天性畸形，泌尿系结石，泌尿系肿瘤）